Die Bedeutung des Wismarer Hafens begann schon vor der eigentlichen Stadtgründung. Ausgehend von der geschützten Lage in der Wismarer Bucht wollten mehrere Handelsleute einen idealen Handelsplatz schaffen. Schon in der Hansezeit entwickelte sich die Schifffahrt in Wismar. Im 14. und 15. Jahrhundert unterhielten die Hansestädter Handelsverbindungen im gesamten Ostseeraum und der Nordsee. Selbst aus Spanien wurde Wein importiert. Exportiert wurde vor allem Getreide und die sogenannte Wismarer Mumme, ein in Wismar gebrautes Bier. Im Dreißigjährigen Krieg blockierten die Schweden den Handel, sodass er fast zum Erliegen kam. Erst im 17. Jahrhundert begann sich die Schifffahrt zu erholen und konnte sich neu entwickeln. Bier, Wolle und Getreide werden exportiert und zu den Importen gehörten Kalk, Eisen, Kupfer und Holz. Einen Rückschlag erlebten die Schifffahrt und der Wismarer Hafen durch den Nordischen Krieg. Der Siebenjährige Krieg verschlechterte die wirtschaftliche Lage noch mehr und erst im 19. Jahrhundert begann sich der Handel durch die Zugehörigkeit zu Mecklenburg wieder zu entwickeln. Durch das neu gewonnene Hinterland konnte die Stadt profitieren und es wurde wieder begonnen, neue Schiffe zu bauen. Die Errichtung einer Eisenbahnlinie brachte neuen Aufschwung für den Handel und machte eine Vertiefung der Fahrrinne und einen weiteren Ausbau des Hafens notwendig.
Zu Zeiten der DDR wurde Wismar durch staatliche Vorgaben zum zweiten Hafen nach Rostock. Neben der Spezialisierung auf den Umschlag von Massengütern beherbergt der Wismarer Hafen eines der größten europäischen Holz-Cluster Europas. Auch die starke Werftindustrie wurde durch einen Schiffsreparaturbetrieb der Roten Armee gegründet. Heute ist die Schiffsbauwerft Nordic Yards mit ca. 600 Mitarbeitern einer der größten Arbeitgeber Wismars. Zur Werft gehört eine neue Schiffbauhalle, die zu den modernsten ihrer Art zählt und Deutschlands größtes überdachtes Trockendock, das mit einer Länge von 395 m und einer Höhe von 72 m zum Stadtbild beiträgt.
Der Seehafen Wismar ist ein verlässlicher Partner für Logistik im Ostseeraum. Der Standort und die zentrale Lage des Seehafens sind wichtige Voraussetzungen für die Verteilung und die Bündelung des Warenstromes zum einen in Nord/Südrichtung zwischen dem europäischem Festland und Skandinavien und zum anderen in Ost/Westrichtung nach Russland und ins Baltikum. Ebenso wichtig sind aber auch die moderne Umschlagtechnik und die gut ausgebaute Anbindung ans Hinterland. Nur so kann eine schnelle und sichere Abwicklung der unterschiedlichsten Güter auf dem Straßen-, See- und Schienenweg sichergestellt werden. In der Gegenwart spielt auch der Bereich der Kreuzfahrten eine wichtige Rolle.
Ein weiterer in der Nähe von Wismar gelegener Hafen ist der Yachthafen in Wendorf, einem Stadtteil der Hansestadt. Bei diesem handelt es sich um eine der vielen Marinas an der Ostseeküste Mecklenburg-Vorpommerns und Schleswig-Holsteins. Im Hafen sind ein Yachtclub und ein Kanuverein beheimatet. Es sind Ankerplätze für Segel- und Motorboote mit geringem Tiefgang vorhanden. Für den Bootstransport ist die nächstgelegene größere Verleihstation für Bootstrailer diejenige im Böckmann Center Schwerin. Informationen zu Anfahrt und Co. bietet die Themenseite zum Anhängerverleih in Wismar.
Weitere Informationen gibt es auf der offiziellen Seite: www.hafen-wismar.de